FarMedAIS biedt apothekers uitgebreide mogelijkheden om niet alleen de medicatiebewakingssignalen af te handelen, maar ook om de logistiek op een efficiënte wijze in te richten. Dubbele invoer van gegevens wordt zoveel mogelijk voorkomen. Vanuit de applicatie kunnen diverse overzichten, etiketten en deellijsten geprint worden. Op het gebied van barcodering worden er toepassingen geboden die controles vergemakkelijken.

Vanuit de apotheekmodule is het mogelijk om direct geneesmiddelendistributierobots aan te sturen (zowel GDS als central filling). Daarnaast biedt de apotheekmodule functionaliteiten waarmee op efficiënte wijze assortimentsbeheer gedaan kan worden.